După 1989, mânăstirea Lainici a renăscut sub mitropolitul Nestor Vornicescu și stareții Ioan Selejan și Ioachim Pârvulescu. Cu sprijinul minerilor din Valea Jiului, aici s-a construit o nouă biserică cu un subsol care să amintească de catacombele primilor martiri creștini prin picturile ce reprezintă viața creștină de la anul 1 până la Edictul de la Milano (313) și o biserică normală în care sunt pictați inclusiv sfinți catolici.
Mânăstirea Lainici a avut un rol important în cursul marilor evenimente din trecutul acestui neam. Astfel, în timpul Războiului de Independență din 1877, starețul Irodion a trimis 12 monahi dintre cei mai tineri și mai în putere spre a fi aleși drept sanitari pentru front.
În Primul Război Mondial
Așezarea monahală de la Lainici a trecut prin momente grele în timpul Războiului de Întregire Națională. Se știe că în toamna anului 1916 pe cursul Jiului s-au purtat lupte grele. A fost mai întâi o puternică ofensivă a Diviziei 11 Infanterie a Armatei române în sectorul Jiului care a dus la ocuparea Petroșaniului și stabilirea unui cap de pod în Pasul Merișor, pe direcția Hațeg. Replica armatelor germane a fost considerabilă, generalul Paul von Kneussl în fruntea unui grup militar uriaș a obligat armia română să se apere în Defileul Jiului.
Așa cum ne spune istoria dar și monumentul dedicat generalului Ioan Dragalina din apropierea Mânăstirii, acesta se va remarca în fruntea trupelor române. Este cunoscut ordinul său: Trupa care nu înaintează să moară pe loc! Cu forțe mult inferioare, armatele române îi vor respinge pe dușmani, un moment sublim pe un front în care românii se înclinau de la o zi la alta. Generalul Dragalina va fi rănit pe Podul de la Lainici când se întorcea de la Mânăstire după ce se povestise.
Se știe astăzi că Alpen Korps-acolo unde lupta și viitorul feldmareșal Erwin Rommel-a forțat Valea Jiului și a ocupat chiar Târgu-Jiul în octombrie 1916. Soarta Mânăstirii a fost una cruntă. Trupele germane cantonate în Defileul Jiului au staționat și au avut cartierul general chiar la Mânăstire. Astfel, întreaga mânăstire a fost profanată, crucile mormintelor din cimitir au fost smulse, odoarele de preț au fost furate, clopotele au fost topite, arhiva lăcașului de cult a fost arsă în totalitate iar biserica a fost pângărită de cai și oameni. O parte dintre călugării care nu au părăsit așezarea au fost luați prizonieri și deportați în Germania, unii murind prin acele locuri.
Mânăstirea părăsită și reînviată
La 1 ianuarie 1919, ieromonahul Calistrat Proca încearcă să refacă viața monahală de la Lainici după ce ”timp de trei ani, în timpul războiului, nu a fost locuit de nici un monah. A fost pradă armatei de ocupație inamică”. Noul stareț spunea într-un raport către Episcopia Râmnicului că ”la luarea mea în primire …nu am găsit nimic, fără numai zidurile și pământul”.
Cel care va revigora Lainiciul din toate punctele de vedere va fi starețul Visarion Toia, acesta fiind considerat de comunitatea religioasă ca cel de-al treilea ctitor al Mânăstirii. Acestuia i se datorează revenirea Mânăstirii printre lăcașurile de cult importante din România. A rămas la conducerea Mânăstirii Lainici între anii 1929-1951.
Înfruntând comunismul
În ultimii ani de stăreție, Visarion Toia a trebuit să se confrunte cu probleme cu totul deosebite. Deoarece PMR-ul deschisese șantierul de la Bumbești-Livezeni, Lainiciul va avea de înfruntat teroarea regimului, fiind practice ”sub ocupație” timp de circa un deceniu, atât timp cât barăcile tineretului UTM au fost în zonă.
Starețul Visarion Toia a înființat un spital pentru cei schilodiți în timpul lucrărilor. Tot el a înfruntat Securitatea, căreia i-a refuzat sistematic cazarea în chiliile monahilor, atunci când soldații acesteia vânau partizanii din Munții Retezatului și Parângului. Există informații credibile potrivit cărora tinerii comuniști l-au maltratat pe stareț, acestuia i s-a cangrenat un picior din această cauză și a murit la 8 noiembrie 1951.
